细菌分类学是一个古老的、传统的学科，又是一个现代化的、发展的学科。细菌的分类原则上分为传统分类和种系分类两种。19世纪以来，以细菌的形态和生理特征为依据的分类奠定了传统分类的基础，即选择一些较为稳定的生物学性状，如菌体形态与结构、染色性、培养特性、生化反应、抗原性等作为分类的标记。

细菌分类系统《伯杰系统细菌学手册》（1984）和《伯杰鉴定细菌学手册》第9版（1994）都已反映了细菌种系分类的研究进展，但在具体编排上也保留了许多传统分类的安排。目前，伯杰（Bergey）分类将细菌分为四大类目、35个群，细菌的分类与其他生物相同，也是界、门、纲、目、科、属、种。在细菌中常用属和种。

种（species）是细菌分类的基本单位。生物学性状基本相同的细菌群体构成一个菌种；性状相近关系密切的若干菌种组成一个菌属（genus）。同一菌种的各个细菌，虽性状基本相同，但在某些方面仍有一定差异，差异较明显的称亚种（subspecies，subsp.）或变种（variety，var.），差异小的则为型（type）。例如按抗原结构不同而分血清型（serotype）；对噬菌体和细菌素的敏感性不同而分噬菌体型（phage-type）和细菌素型（bacteriocin-type）；生化反应和其他某些生物学性状不同而分为生物型（biotype）。

对不同来源的同一菌种的细菌称为该菌的不同菌株（strain）。具有某种细菌典型特征的菌株称为该菌的标准菌株（standard strain）或模式菌株（type strain）。

细菌的命名采用拉丁双名法，每个菌名由两个拉丁字组成。前一字为属名，用名词，大写；后一字为种名，用形容词，小写。全名用斜体字印刷。一般属名表示细菌的形态或发现或有贡献者，种名表明细菌的性状特征、寄居部位或所致疾病等。中文的命名次序恰与拉丁文相反，是种名在前，属名在后。例如Staphylococcus aureus，金黄色葡萄球菌；Escherichia coli。属名亦可不将全文写出，只用第一个字母代表，如M.tuberculosis，S.typhi等。有些常见菌有其习惯通用的俗名，如伤寒杆菌meningococcus。有时泛指某一属细菌，不特指其中某个菌种，则可在属名后加sp.（单数）或spp.（复数），如Salmonella sp.表示为沙门菌属中的细菌。